1.檢查部門
高企認定主管部門：科技、財政、稅務部門，其他相關部門：環(huán)保、質量/安監(jiān)、審計等部門。
2.檢查要點
科技部門
1.技術領域是否屬于管理辦法或工作指引中的領域
2.專利權屬及專利時效確認
3.主要產(chǎn)品（服務）收入占高新收入比例是否超過50％
4.申報前后各期數(shù)據(jù)對比及與高新年報數(shù)據(jù)對比
5.申報材料各項指標核對
財政部門
1.每年定期對承擔高企審計的事務所進行底稿等風險檢查，并抽選部分企業(yè)進行延伸檢查
2.會計師事務所行業(yè)協(xié)會自律檢查
稅務部門
1.企業(yè)專審報告數(shù)據(jù)歸集及其支撐票據(jù)憑證的真實性及一致性
2.研發(fā)費用歸集口徑是否符合高企認定工作指引要求
3.研發(fā)費用及高新技術產(chǎn)品收入與企業(yè)實際發(fā)生是否一致
4.高企認定稅收優(yōu)惠備案檢查
5.研發(fā)費用加計扣除備案檢查
6.其他相關稅務檢查
環(huán)保部門
1.是否存在環(huán)評風險
2.是否存在嚴重環(huán)境違法行為
質量/安監(jiān)部門
是否存在重大質量、重大安全事故
審計部門
1.針對行政公職人員瀆職、受賄等違法行為的延伸檢查
2.國有企業(yè)自身的定期審計檢查
3.企業(yè)備查資料
（1）科技人員證明材料
（2）知識產(chǎn)權證明材料
（3）科研項目證明材料
（4）科技成果轉化證明材料
（5）研發(fā)費用明細賬及相關憑證
（6）高新收入證明材料
（7）研究開發(fā)組織管理證明材料
（8）檢查部門要求的其他資料
高新技術企業(yè)稅收優(yōu)惠資格有效期為三年，許多企業(yè)重視申報，忽視資格維持，從而帶來潛在的稅務風險。企業(yè)獲得高新技術企業(yè)資格后，在其資格有效期內應每年5月底前通過“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”，報送上一年度知識產(chǎn)權、科技人員、研發(fā)費用、經(jīng)營收入等年度發(fā)展情況報表；在同一高新技術企業(yè)資格有效期內，企業(yè)累計兩年未按規(guī)定時限報送年度發(fā)展情況報表的，由認定機構取消其高新技術企業(yè)資格，在“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”上公告。
根據(jù)《高新技術企業(yè)認定管理辦法》要求，“科技部、財政部、稅務總局應建立隨機抽查和重點檢查機制，加強對各地高新技術企業(yè)認定管理工作的監(jiān)督檢查。”
因此，企業(yè)不僅要重視認定時資料的準備，更應當注重資格維持，為期滿后重新認定及后續(xù)可能面臨的檢查做好充分準備。
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